Фамилия Бакеева чаще всего имеет тюркские корни. В её основе лежит имя Бакый, которое восходит к слову baqy — «твердый, постоянный, вечный». Однако есть и другая версия, связанная с историей русского боярства.

Историк С. Б. Веселовский в своих трудах упоминает Семена Федоровича Бакея — тверского боярина из рода князей Смоленских (Фоминских). В 1474 году его сыновья выехали на службу в Москву, и именно от них, по преданию, пошла фамилия Бакеевых. В этом случае прозвище Бакей могло быть внутрисемейным или уменьшительным именем, не связанным напрямую с тюркским значением.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на -й. Женская форма Бакеева — это вариант по линии дочери или жены.

Однозначно определить, какой из путей — тюркский или древнерусский боярский — привел к появлению конкретной семьи Бакеевых, можно только через генеалогическое исследование. Процесс становления фамилий на Руси был долгим, и в разных регионах одно и то же прозвище или имя могло дать начало независимым родам.