Фамилия Бекенов образована от казахского мужского имени Бекен. В буквальном переводе с казахского это имя означает «сайгак» — степная антилопа, известная своей скоростью и выносливостью. Однако в переносном значении так могли называть не столько животное, сколько человека — молодого, скорого, лёгкого на ногу, быстрого в движениях и решениях. Имя Бекен давали мальчикам, желая, чтобы они росли проворными и неутомимыми, как сайгак.

Суффикс -ов в фамилии Бекенов — типичный русский патронимический формант, который в XIX–XX веках активно присоединяли к тюркским основам при русификации фамилий. То есть фамилия Бекенов буквально означает «сын Бекена» или «потомок Бекена». По этой же модели образованы десятки казахских фамилий, например, Айтенов, Молдабеков, Ермеков.

Интересно, что имя Бекен не стоит путать с более распространённым тюркским компонентом «бек» (князь, господин), хотя внешне они похожи. В данном случае корень другой: Бекен — самостоятельное имя, а не уменьшительная форма от «бек». В казахской ономастике имя Бекен фиксируется как отдельное, и его семантика связана именно с образом сайгака, а не с титулом знати.

С географической точки зрения фамилия Бекенов встречается преимущественно в Казахстане и среди казахской диаспоры в России, особенно в Оренбургской, Астраханской и Омской областях. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не попадается, что говорит о её относительно позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда казахам массово присваивали фамилии по имени отца.

Других версий происхождения фамилии Бекенов, кроме как от имени Бекен, нет: попытки связать её с тюркским «бек» (как «бек-оглу» — сын бека) или с каким-либо географическим названием не подтверждаются источниками. Фамилия прозрачна по составу и не содержит спорных элементов.