Фамилия Бекеновы образована от тюркского мужского имени Бекен, которое в переводе с казахского означает «сайгак». В переносном смысле сайгаком нарекали молодого, быстрого, лёгкого на ногу человека — прозвище, скорее всего, указывало на характер или повадки родоначальника. Само имя Бекен восходит к тюркскому титулу «бек» (князь, господин) с уменьшительным аффиксом -ен, то есть буквально — «маленький бек» или «князёк». Такая модель словообразования типична для тюркских языков: основа «бек» + ласкательный суффикс.

Фамилия относится к распространённому типу древнейших восточных фамилий, корни которых уходят в XV–XVII века. Своим происхождением Бекеновы обязаны тюркским народам — выходцам из Золотой Орды, печенегам или половцам. Проникновению таких основ в русские фамилии способствовал исторический факт: немало дворянских родов в России имели нерусское происхождение. В родословных записях восточное происхождение фамилии подтверждается именем её родоначальника.

Редкий суффикс -ен в основе (а не привычное -ек или -ей) выделяет фамилию среди однокоренных — Беков, Бекеев, Бекетов. Если Бековы прямо указывают на «бека», то Бекеновы — на его уменьшительную, почти домашнюю форму. Географически фамилия чаще всего встречается в Оренбургской области, Башкортостане и Казахстане — регионах, где веками пересекались русские и тюркские миры.