Фамилия Бекенёва происходит от казахского мужского имени Бекен. В переводе с казахского это слово означает «сайгак» — степная антилопа, известная своей быстротой и резвостью. В переносном смысле сайгаком называли молодого, скорого, лёгкого на ногу человека. Скорее всего, такое имя дали подвижному, резвому ребёнку, желая ему ловкости и быстроты.

Фамилия образована по русской модели: к основе Бекен добавили суффикс -ёв (фонетический вариант -ев после мягкого согласного). Так появилась форма Бекенёв, а для женщин — Бекенёва. Эта модель типична для фамилий, которые возникли от имён или прозвищ: она указывает на принадлежность — «сын Бекена» или «из рода Бекена».

Имя Бекен входит в группу тюркских имён с корнем «бек» (господин, князь, правитель). В казахской и других тюркских традициях такие имена давали в знак уважения или с пожеланием достоинства. Однако в данном случае значение сместилось в сторону животного мира: имя Бекен не столько титульное, сколько описательное, через образ сайгака.

Процесс формирования фамилий у разных народов шёл неравномерно. У тюркских народов фамилии в привычном русском понимании закрепились позже, чем у славян, — в основном в XIX–XX веках. Поэтому фамилия Бекенёва могла оформиться как в среде крещёных татар или башкир, так и в среде казахов, принявших православие. Точное место и время возникновения рода можно установить только по генеалогическим исследованиям.

С точки зрения географии фамилия Бекенёва встречается в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской области, а также в Казахстане. В русских метрических книгах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в формах Бекенев и Бекенёв, причём вариант с буквой «ё» точнее передаёт произношение.