Фамилия Бекеева образована от имени Бекей (Бикей), которое, вероятно, является упрощенной формой татарского имени Биккай. Согласно другой версии, в основе этой фамилии лежит татарское женское имя Бике – «госпожа». Однако нельзя исключить, что в основе этой фамилии лежит казахское мужское имя Бекен, которое переводится как «сайгак». Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Бекеевых можно лишь на основании генеалогических исследований.