Фамилия Бекеев уходит корнями в XV–XVII века, когда в состав русских дворянских родов активно проникали инонациональные основы. Многие дворяне в России того времени были нерусскими по происхождению, и фамилия Бекеев — один из таких примеров. Её основа — имя Бекей (или Бикей), которое, скорее всего, представляет собой упрощённую форму татарского имени Биккай. Это наиболее правдоподобная версия, поскольку она хорошо вписывается в словообразовательную модель: тюркские имена с основой «бек/бик» (князь, господин) часто адаптировались в русской среде через суффикс -ев, указывающий на принадлежность.

Есть и альтернативное объяснение: фамилия могла произойти от татарского женского имени Бике, что значит «госпожа». Однако эта версия менее вероятна, так как женские имена реже становились основами для русских фамилий, особенно дворянских. Третья гипотеза связывает Бекеева с казахским мужским именем Бекен, которое переводится как «сайгак». Но и она уступает первой по распространённости: фамилия чаще встречается в Поволжье и на Урале, где исторически сильны татарские влияния, а не казахские.

Таким образом, скорее всего, предки Бекеевых носили имя Бекей (Бикей), а сама фамилия указывает на их тюркские корни и принадлежность к служилому сословию. В русской ономастике такие фамилии — не редкость, и они несут в себе память о многовековом смешении культур.