Фамилия Балиндина — женская форма, а её мужской вариант Балиндин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Балинда, которое, скорее всего, восходит к диалектному слову «балянда» или «балинда». В русских говорах так называли неуклюжего, медлительного человека или, наоборот, того, кто делает всё небрежно, «тяп-ляп». В некоторых регионах слово имело значение «бездельник» или «шатун». Таким образом, первый носитель фамилии получил её по характерной черте поведения или внешности.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Балиндин — это «сын Балинды». Модель образования типична для северных и центральных областей России, где притяжательные фамилии на -ин широко распространены. Встречается также вариант с ударением на второй слог — Бали́ндин, что может указывать на местное произношение.

Интересно, что у фамилии есть «двойники» — Баладин, Балакин, Балашов, но корень «балинд» более редкий. Встречается он в основном в документах XVII–XVIII веков по Вятке и Пермской губернии, что позволяет предположить: предки Балиндиных были крестьянами или посадскими людьми из тех краёв. Фамилия не относится к дворянским, не попала в «Бархатную книгу», но её носители оставили след в местной истории — например, в метрических книгах Кунгурского уезда записаны Балиндины, занимавшиеся кожевенным ремеслом.

Если ударение падает на последний слог — Балинди́н, это может быть позднейшим искажением или влиянием украинской или белорусской ономастики, где суффикс -ин часто произносится с ударением на конце. Но для русской фамилии исходная форма — с ударением на первом или втором слоге.