Фамилия Балыкбаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Балыкбаев уходит в XV-XVII вв. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Балыкбаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Фамилия Балыкбаев образована от имени Балыкбай, в основе которого лежат два тюркских слова: «балык» - «рыба» и «бай» - «богатый; господин». Однако существует и другая гипотеза, согласно которой фамилия Балыкбаев происходит от прозвища Балыкбай, которое мог получить человек, разбогатевший на торговле рыбой. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Балыкбаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Тем не менее, фамилия Балыкбаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.