Фамилия Бандовкин образована от прозвища или нецерковного имени Бандовка. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: Бандовкин буквально значит «сын Бандовки». А вот что такое «бандовка» — вопрос, на который есть несколько правдоподобных ответов.

Самая вероятная версия связывает основу со словом «банда» — в южнорусских и украинских говорах так называли не только шайку, но и определённый вид повозки, а также большую дубину или палку. Прозвище Бандовка мог получить либо возчик на тяжёлой телеге, либо человек крепкого телосложения, либо — в ироничном ключе — задира или буян. Вторая версия отсылает к диалектному «банда» в значении «ватага, толпа»: так могли прозвать общительного, компанейского человека.

Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение от польского или белорусского «banda» — лента, тесьма. В этом случае прозвище дали бы портному или торговцу галантереей. Но для фамилии Бандовкин этот вариант слабее, потому что суффикс -овк- типичен именно для восточнославянских прозвищ с уменьшительным или уничижительным оттенком.

Фамилия редкая. По историческим данным, её носители встречались в южных губерниях Российской империи — на территории современной Украины и в Области Войска Донского. В XIX веке Бандовкины числились в основном среди крестьян и мещан. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

В написании фамилии устойчива форма с буквой «о» в первом слоге, хотя в диалектном произношении могло звучать и «Бандовкiн». Сейчас фамилия встречается точечно, преимущественно в России и на востоке Украины.