Фамилия Банкаускас — это литовский вариант польской фамилии Банковский. В Литве и других регионах бывшей Речи Посполитой польские фамилии на -ский нередко адаптировали к местной языковой традиции, заменяя суффикс на литовский -аускас. Получается, что Банкаускас — не самостоятельная фамилия, а фонетическая и грамматическая переработка чужой модели, что типично для балтийской ономастики XIX века.

Что же стояло за исходной польской фамилией? Тут возможны два основных пути. Первый и самый очевидный — профессиональный. Польское «банк» восходит к итальянскому banco, то есть лавка или стол, где менялы раскладывали монеты. Владелец такого стола — меняла или ростовщик, дававший деньги под проценты. Прозвище Банковский могло закрепиться за человеком именно этого занятия. Вторая версия — топонимическая. На землях Польши и Украины встречаются селения Банково, Банковка. Фамилию на -ский давали тому, кто был родом из такого места или владел им. И наконец, третья, менее вероятная, но не исключённая: прозвище могли вывести от «банки» — стеклянного или глиняного сосуда. Тогда Банковский — это гончар или стеклодув.

В любом случае, фамилия Банкаускас несёт в себе память либо о ремесле предка, связанном с деньгами, либо о его географическом происхождении. Встречается она преимущественно в Литве, а также среди литовской диаспоры.