Фамилия Баркаускас образована от прозвища Баркаус, в основе которого, скорее всего, лежит немецкое или голландское слово barka - «крупный парусный корабль». Вполне вероятно, что это прозвище относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности предка: возможно, он был кораблестроителем или моряком. Не исключено также, что прозвище восходит к старолитовскому слову barguti, то есть «давать в долг, одалживать».