Фамилия Баоабанова — редкий случай в русском ономастиконе, где иноязычная основа сочетается с русским патронимическим суффиксом. Скорее всего, перед нами русифицированная форма фамилии, принесённая переселенцами из регионов Центральной Азии или Кавказа, где встречаются созвучные корни. Основа «Баоабан» не имеет славянской этимологии и не разлагается на стандартные русские прозвищные или именные части. Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского или иранского составного имени или прозвища, где «Бао» может восходить к древнему антропониму (ср. с китайским Бао — «драгоценный», но для тюркских языков это нетипично), а «абан» — к персидскому или арабскому «абан» (ясный, чистый, или название восьмого месяца иранского календаря). В таком случае фамилия могла означать «потомок Баоабана» — человека, носившего это имя.

Суффикс -ов-а указывает на принадлежность к женскому роду (Баоабанова — жена или дочь Баоабанова). Мужская форма — Баоабанов — образована по продуктивной модели отыменных фамилий, но для русского уха корень звучит необычно. Встречаемость фамилии крайне низкая: по открытым данным, носители сосредоточены в нескольких регионах, возможно, в республиках Северного Кавказа или в среде таджикской и узбекской диаспоры. В дореволюционных метриках и переписях она не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в советское время, при паспортизации, когда иноязычные имена и прозвища записывали «на слух» и русифицировали.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Бао, Абанов, Бабанов) не даёт прямых параллелей: Баоабанова стоит особняком. Если отбросить русский суффикс, остаётся основа, которая может быть искажением более длинного имени вроде Баоабанди или Баоабану — такие варианты встречаются в антропонимии народов Памира. Таким образом, этимология неоднозначна, но ясно одно: фамилия не имеет отношения ни к какому русскому слову или прозвищу, а её носители — потомки людей, чьё имя или родовое прозвание было адаптировано под русскую фамильную систему.