Фамилия Барахтанова звучит на слух как что-то связанное с движением, возней, и это интуитивное ощущение недалеко от истины, хотя и не исчерпывает её. В основе фамилии лежит прозвище Барахтан. В народной речи «барахтаться» означает биться, возиться, отбиваться, и такое прозвище обычно закреплялось за человеком упрямым, капризным или драчливым — тем, кто «барахтается» и не даёт себя сломать.

Однако есть и другая, менее очевидная версия, которая уводит нас от характера к ремёслам и волжским просторам. Слово «барахтан» могли связывать с диалектными «бархат» или «бархот». Так на Каме и реке Лузе называли большую барку — грузовое судно, которое брало до 35 тысяч пудов (больше 570 тонн) и сплавляло лес, рыбу и другие товары. Если прозвище пошло от этого слова, то первый Барахтан был не драчуном, а человеком, связанным с речным делом: рыбаком, судоходцем или владельцем такой барки.

Словообразовательная модель проста и типична для русского севера и Поволжья: прозвище Барахтан + патронимический суффикс -ов, дающий женскую форму Барахтанова. Фамилия недвусмысленно указывает на родоначальника по мужской линии — Барахтана, а окончание -а говорит о том, что её носительница — женщина.

Обе версии имеют право на существование, и выбор между ними — вопрос контекста. Если предки жили в центральных или южных губерниях, скорее всего, прозвище отражало характер. Если же род происходит из Прикамья или бассейна Лузы — версия с судоходством выглядит весомее: ремесленные прозвища там были распространены шире, чем психологические.