Фамилия Барахтарь — редкий случай в русском ономастиконе. В ней нет привычных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Перед нами так называемая «прозвищная» фамилия, застывшая в форме глагола в повелительном наклонении. Такие фамилии образовывались от повелительной формы глагола: Держи, Тяни, Стучи, Хватай. Барахтарь — от глагола «барахтаться», то есть «суетиться, возиться, делать беспорядочные движения». Прозвище Барахтарь могли дать человеку непоседливому, суетливому, неуклюжему или тому, кто постоянно «барахтался» в делах, не мог усидеть на месте.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая, — связь с диалектным словом «барахтарь» в значении «торговец старьём, барахольщик». В некоторых говорах «барахтать» означало «перебирать вещи, искать что-то в куче хлама». Если так, то фамилия могла указывать на занятие предка: скупка и перепродажа подержанных вещей. Однако основная масса носителей фамилии живёт на юге России (Краснодарский край, Ростовская область), где глагол «барахтаться» в значении «возиться, плескаться» распространён шире, чем торговое слово. Поэтому более правдоподобно, что фамилия — это прозвище по характеру.

По модели образования фамилия Барахтарь схожа с украинскими и южнорусскими фамилиями на -арь: Кобзарь, Пушкарь, Гончарь. Но здесь основа не профессиональная, а глагольная. В письменных источниках фамилия встречается с конца XIX века в метрических книгах Войска Донского. Сословно предки могли быть казаками или государственными крестьянами — фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, народная. В советское время из-за ассоциации со словом «барахло» некоторые носители могли менять фамилию, но Барахтарь устояла и сохранилась. Сегодня она остаётся очень редкой: по открытым базам данных в России её носят не более нескольких сотен человек.