Фамилия Башкинцев — наглядный пример того, как в русской фамилии может соединиться географическое название с типичной моделью образования отчества. В её основе лежит топоним Башкинцы — название села или деревни. Таких поселений в исторических документах известно несколько, и все они находятся в западных регионах бывшей Российской империи: на территории современной Беларуси, в Смоленской и Псковской областях. Человек, переселившийся из такой местности, получал прозвище Башкинец — «выходец из Башкинцев», а его потомки уже писались как Башкинцевы.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русского Севера и северо-запада. Суффикс -ец указывал на принадлежность к месту (ср. тверец, вязьмич, но в данном случае — по названию деревни). Затем к основе Башкинец прибавился стандартный патронимический суффикс -ев, образующий фамилию по отцу: «чей сын? — Башкинцев». В отличие от фамилий на -ин или -ов, которые чаще встречаются в центральной России, модель с -ев и основой на -ец характерна для псковско-новгородских земель и прилегающих территорий.

Сам топоним Башкинцы, вероятно, восходит к прозвищу или имени Башка — уменьшительной форме от имени Баш (сокращение от Башила, Башмак или Башлык) либо от слова «башка» (голова). В старину Башкой могли называть человека с большой головой, умного или, наоборот, упрямого. Однако прямо связывать фамилию со словом «башка» рискованно: скорее всего, это опосредованная связь через название населённого пункта, а не личное прозвище основателя рода.

По сословному составу Башинцевы не были исключительно дворянами или крестьянами. В переписных книгах XVII века встречаются как крестьяне и посадские люди из западных уездов, так и мелкие служилые люди. В XIX веке фамилия была распространена в Смоленской, Витебской и Могилёвской губерниях. Её редкий вариант — Башкинцов — встречается реже и мог возникнуть из-за диалектного произношения или ошибки писаря.