Фамилия Батонжанашвили — редкий пример, когда грузинский суффикс «-швили» («сын», «дитя») прирастает к основе, не имеющей грузинских корней. Скорее всего, фамилию образовали от имени Батонжан, которое состоит из двух заимствованных компонентов. Первая часть — Батон — восходит к монгольскому «бодон», то есть «вепрь». Вторая часть — «жан» — персидского происхождения, означает «душа». Вместе имя Батонжан можно перевести как «душа вепря». Такое имя встречается у бурят и монголов, которые не имели прямых контактов с грузинами. Этот факт и объясняет, почему фамилия Батонжанашвили остаётся малораспространённой: скорее всего, её носители — потомки человека, получившего монгольское или бурятское имя, но жившего в грузинской среде, где фамилию оформили по местной модели. Суффикс «-швили» типичен для восточной Грузии (регионы Кахети, Картли), что может указывать на географию появления фамилии.