Фамилия Батпаева образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ев, который присоединяется к основе, оканчивающейся на мягкий согласный или шипящий. В данном случае основа — Батпай. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Батпаева буквально означает «дочь (или жена) Батпая». Мужской вариант фамилии — Батпаев.

Корень фамилии — тюркский. Слово «батпа» (или «батпак») в ряде тюркских языков, включая казахский и киргизский, означает «грязь», «топь», «болото» или «ил». Соответственно, прозвище Батпай могли дать человеку, жившему у болотистой местности, либо тому, кто работал с глиной или в грязи — например, гончару или землекопу. Впрочем, в тюркской ономастике нередки случаи, когда прозвище, внешне неблагозвучное, давали с охранительной целью: считалось, что «плохое» имя отпугивает злых духов.

Интересно, что фамилия Батпаева не единична в ряду однокоренных. Существуют фамилии Батпаков, Батпаев, а также топонимы — например, село Батпак в Казахстане. Это подтверждает, что корень был распространён в регионе Средней Азии и Казахстана. Фамилия Батпаева встречается преимущественно у народов, говорящих на тюркских языках, и в русской среде появилась, скорее всего, через русификацию патронимов в XIX–XX веках.

Поскольку фамилия явно недворянская и не относится к старым русским родам, её носители в большинстве своём были крестьянами или казахами, переходившими на оседлый образ жизни. В советское время фамилия закрепилась в паспортной системе и сейчас встречается в России, Казахстане и Киргизии.