Фамилия Батпанаев образована по очень распространённой в тюркских языках модели: к личному имени или прозвищу добавляется русский патронимический суффикс -ев. Корень здесь — «Батпан» (или «Батпанай»). Слово «батпан» в тюркских языках (казахском, башкирском, татарском, ногайском) имеет конкретное значение — это старинная мера веса, примерно от 4 до 10 килограммов, в разных местностях по-разному. Чаще всего батпаном называли тяжелый камень или гирю, которую использовали на весах.

Скорее всего, фамилия Батпанаев происходит от прозвища Батпан, которое давали человеку крепкого, грузного телосложения, либо тому, кто работал с мерами и весами — торговцу, весовщику на базаре. Встречается и другая версия: в казахском языке «батпан» также может означать «медлительный», «тяжелый на подъем», так что прозвище могло характеризовать характер, а не только внешность.

Фамилия имеет отчетливую географическую привязку. Она бытует преимущественно среди казахов (в Казахстане и приграничных регионах России — Астраханской, Оренбургской областях). В русской среде она практически не встречается, что указывает на её позднее оформление: многие казахские фамилии получили русские суффиксы в XIX — начале XX века при переписях и паспортизации. Интересно, что в самой казахской среде существует и вариант без русского окончания — просто Батпан, но фамилия Батпанаев закрепилась именно в документах советского периода.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Батпанаев стоит в одном ряду с Батпановым, Батпановым (с другим суффиксом) и редким Батпанаевым. Все они восходят к одному корню, но суффикс -аев указывает на то, что основа, вероятно, была не просто «Батпан», а «Батпанай» — уменьшительно-ласкательная форма имени или прозвища. Таким образом, предок носителя этой фамилии мог быть не просто «тяжеловесом», а, скажем, «маленьким батпаном» — прозвище могло закрепиться за сыном или младшим в роду.