Фамилия Батпенов — редкий пример сложения двух тюркских корней в одной основе. Первая часть восходит к слову «бата»: в тюркских языках оно означает «крепкий, здоровый; надёжный, постоянный». Вторая часть — «pen» (в некоторых диалектах «пен»), что переводится как «лапа, коготь», а в переносном значении — «лапа льва». Скорее всего, прозвище Батпен дали человеку, который сочетал физическую силу и смелость (от «лапы льва») с моральной стойкостью и верностью (от «бата»). Такое прозвище могли получить воины, батыры или просто люди, известные своей надёжностью и суровым нравом.

Фамилия образована по русской модели с патронимическим суффиксом -ов, что типично для фамилий, возникших в среде крещёных тюркских народов или в зонах активных русско-тюркских контактов — в Поволжье, на Урале, в Сибири или Казахстане. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Батпена» или «из рода Батпеновых». Сама конструкция «тюркская основа + русский суффикс» — распространённый способ оформления фамилий у татар, башкир, казахов и других народов, вошедших в состав Российской империи.

Интересно, что в отличие от большинства фамилий, где основа — одно слово (обычно имя или прозвище), здесь перед нами составное прозвище-характеристика. Это сближает Батпеновых с носителями таких фамилий, как Кутлубаев, Акмурзин или Баймухаметов, где в основе лежит не просто имя, а смысловой блок из двух корней. Вероятно, фамилия возникла не в крестьянской среде, а среди людей, ценивших воинские и мужские добродетели.