Фамилия Бапенова — редкий случай, когда написание подсказывает разгадку быстрее, чем звучание. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а русифицированный вариант казахской или другой тюркской фамилии. В тюркских языках распространена фамилия Бапенов, образованная от личного имени Бапен. Женское окончание -а в русском языке стандартно указывает на принадлежность к женскому роду (Бапенова — «жена или дочь Бапенова»), но в бытовом употреблении так могла записаться и вся семья, если носительницей была женщина.

Имя Бапен, скорее всего, восходит к тюркскому корню «бап» — «достоинство, чин, степень» или «подходящий, соразмерный». В казахском языке «бап» означает также «лад, стройность, удобство». Таким образом, Бапен — это «соразмерный», «ладный», «подходящий». Суффикс -ов/-ева в тюркских фамилиях присоединялся при оформлении по русскому образцу в XIX–XX веках, когда кочевников массово записывали в метрики и переписи.

Географически фамилия Бапенова с высокой вероятностью привязана к Казахстану, особенно к западным и северным областям, где была сильна традиция русификации фамилий. Встречается она и у башкир, и у татар. Если предки носительницы фамилии — казахи, то её родоначальник мог быть человеком степенным, уравновешенным, за что и получил прозвище Бапен («ладный»). В русской среде эта фамилия практически не встречается, что делает её чётким маркером тюркского происхождения.

Словообразовательная модель проста: тюркское личное имя Бапен + русский патронимический суффикс -ов (в женском варианте -ова). Никаких редких суффиксов или спорных корней здесь нет — вся необычность фамилии в её исходной основе, которая не имеет славянских параллелей. Если сравнивать с однокоренными, то в русских фамилиях аналогов нет, зато есть казахские Бап, Бапанов, Бапиев — все от того же корня «бап».