Фамилия Баубеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Баубеков уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Баубеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Баубеков образована от мужского казахского имени Баубек. Первая из них - «бау» - происходит от пожелания «бауы берік болсын!», что в переводе на русский язык означает «да будет все в жизни хорошо!». В отношении имени также может иметь значения - стойкий, верный, надежный. Вторая часть - «бек» переводится с тюркского как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Баубеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Баубеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.