Фамилия Баубеков образована от мужского казахского имени Баубек, и её значение складывается из двух корней. Первая часть — «бау» — восходит к пожеланию «бауы берік болсын!», что означает «да будет всё в жизни хорошо!». В контексте имени это также передаёт значения «стойкий», «верный», «надёжный». Вторая часть — «бек» — переводится с тюркского как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Таким образом, имя Баубек в целом могло символизировать пожелание крепкой и надёжной власти или стойкого лидерства.

Словообразовательная модель фамилии типична для русской адаптации тюркских имён: к основе Баубек добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Баубеков — буквально «потомок или сын Баубека». Такая модель широко распространена среди фамилий казахского и других тюркских народов, попавших в русскую документацию в XIX–XX веках.

Географически фамилия тяготеет к южным и западным регионам Казахстана, а также встречается среди казахов Оренбургской, Астраханской и Саратовской областей России, где исторически сложились казахские диаспоры. Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от конкретного рода или аула.

В ономастике фамилия Баубеков интересна тем, что её основа — Баубек — не является частотным именем среди казахов, в отличие, например, от Ербек или Абек. Это указывает на то, что имя могло быть прозвищным или составным, возникшим в конкретной семье как пожелательное. В словарях тюркских имён (например, у Э. Севортяна) «бау» часто связывают с понятием родства и связи, что усиливает значение «верности» и «надёжности».

Социально предки Баубековых, скорее всего, были скотоводами или воинами, так как имена с компонентом «бек» в кочевой среде традиционно давали детям в семьях, стремившихся подчеркнуть статус или ожидания от ребёнка как будущего защитника рода. Однако точных сведений о сословной принадлежности носителей фамилии нет — документальные записи XIX века по этой фамилии не систематизированы.