Фамилия Баубеков образована от мужского казахского имени Баубек. Первая из них - «бау» - происходит от пожелания «бауы берік болсын!», что в переводе на русский язык означает «да будет все в жизни хорошо!». В отношении имени также может иметь значения - стойкий, верный, надежный. Вторая часть - «бек» переводится с тюркского как «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин».