Фамилия Байбекова восходит к мусульманскому имени Байбек, которое в переводе с тюркского означает «богатый, могущественный бек», то есть «князь, повелитель, руководитель, глава, господин». Видоизмененный вариант этого имени Байбик существовал у сибирских татар и мещеряков.