Фамилия Байбаков образована от прозвища Байбак. По одной из версий, оно происходит от названия степного сурка байбак, обитающего в степях. Обычно с сурком сравнивали сонного, плотного, низкорослого человека или бобыля, одинокого домоседа. Байбаком называли и беспечного, вялого, безынициативного человека. Согласно другой гипотезе, фамилия Байбаков восходит к арабо-тюркскому словосочетанию «бой бак», которое в переводе на русский язык означает «вечно богатый». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Байбак, со временем получил фамилию Байбаков.