Фамилия Байбенков в русском контексте звучит нехарактерно, и это первое, что бросается в глаза. За привычным патронимическим суффиксом -ов скрывается основа, которая не связана с исконно славянскими корнями. Словообразовательная модель здесь проста: фамилию образовали от прозвища или имени Байбенко (с уменьшительным суффиксом -енко) с последующим добавлением -ов, что буквально означает «сын Байбенка» или «принадлежащий Байбенку». Но что такое «Байбен»?

Самая правдоподобная версия ведет к тюркским языкам. В казахском, татарском, башкирском и других тюркских языках «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть — «бен» — может быть искажением слова «би/бей» (князь, правитель) или же личного имени Байбен, которое как раз и складывается из «бай» и «бен» (в значении «я», то есть «я — богатый» или «я — господин»). Иными словами, Байбен — это составное имя-пожелание, распространенное в среде татар, башкир или казахов. Человек с таким именем мог быть сыном или потомком уважаемого, состоятельного человека.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, связывает фамилию с прозвищем, данным по внешнему сходству. В некоторых южнорусских говорах «байбак» — это сурок, а также ленивый, сонный человек. Если предположить, что в основе лежит диалектное «байбен» (как вариант «байбака»), то фамилия могла бы быть прозвищной. Однако против этого говорит четкая фиксация формы «Байбенков», а не «Байбаков» (которая тоже существует и гораздо чаще встречается). Фонетически перейти от «байбак» к «байбен» сложно, поэтому тюркская версия с личным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Байбенков редкая. Её можно встретить в Поволжье и на Урале, в зоне активных русско-тюркских контактов, а также в среде казачества. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли быть крещеными татарами, башкирами, мишарями или выходцами из тюркской среды, которые перешли в православие и получили фамилию по имени отца. В метрических книгах XIX века такие фамилии нередко встречались среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний — там, где оседали служилые люди из «инородцев». Таким образом, Байбенков — не случайная фамилия, а маркер определенного этнического и социального фона, где личное имя, означавшее «господин», стало родовым знаком.