Фамилия Бальбеков образована от мусульманского имени Бальбек, которое восходит к двум тюркским основам: bal — «мёд» и bek — «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Имя Бальбек — сложное, составное, и в этом его особенность: в отличие от многих одноосновных имён, оно сразу задавало ребёнку две характеристики. Первая часть (bal) указывала на «сладость», мягкость или ценность — родители желали сыну жизни, сладкой как мёд. Вторая часть (bek) была титульной и социально весомой: она ставила мальчика в ряд будущих правителей, военных вождей или просто уважаемых глав рода. Такие двусоставные имена с компонентом «бек» были широко распространены у тюркских народов (татар, башкир, казахов, ногайцев) и часто переходили в фамилии через русский суффикс -ов, который указывал на принадлежность: «Бальбеков» буквально значит «сын Бальбека» или «из рода Бальбека».

Стоит заметить, что в ономастике встречается и другая версия происхождения основы — от арабского топонима Баальбек (древний город в Ливане). Однако для фамилии Бальбеков эта версия маловероятна: географические названия такого типа редко становились личными именами в тюркской среде, а суффикс -ов в фамилии почти всегда указывает на отчество, а не на место жительства. Поэтому тюркское толкование — «медовый князь» или «сладкий господин» — остаётся основным и наиболее правдоподобным. Фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или башкир, где имена с элементом «бек» были особенно популярны в XV–XVII веках, а затем закрепилась в русском написании с окончанием -ов, типичным для фамилий недворянского происхождения.