Фамилия Балабекова — женская форма, исходная мужская — Балабеков. В основе лежит имя Балабек, которое распространено у тюркских народов, особенно у азербайджанцев, туркмен, узбеков и кумыков. Оно составное: «бала» (ребёнок, дитя) и «бек» (господин, князь, предводитель). В буквальном смысле Балабек — «дитя бека» или «маленький господин». В прошлом так могли назвать мальчика в знатной семье, подчёркивая его происхождение, или же, наоборот, дать имя с пожеланием, чтобы ребёнок вырос уважаемым человеком.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: к основе Балабек прибавили суффикс -ов (в женском варианте -ова). Так оформляли фамилии переселенцев из тюркской среды, которые попадали в русскую административную и церковную систему. Суффикс -ов типичен для русской ономастики, он указывает на принадлежность: «сын Балабека» или «из рода Балабековых».

Встречается фамилия в основном на Северном Кавказе (Дагестан, Чечня), в Азербайджане, а также среди тюркоязычных диаспор в Средней Азии. В русских документах фиксации фамилии относятся к концу XIX — началу XX века, когда шёл массовый учёт населения в Закавказье и на Кавказе. Редкий случай, когда фамилию могли дать не по отцу, а по прозвищу: если человек был известен как «балабек» — возможно, так звали молодого, но важного или капризного начальника.

Однокоренные фамилии — Балабекян (с армянским суффиксом -ян) и Балабековы с разными ударениями. В русском языке ударение чаще падает на последний слог — Балабекова, но в тюркских языках может смещаться на первый.