Фамилия Байбахтиев происходит от составного мужского имени Байбахти. Его первая часть — тюркское «бай», что означало «богатый господин», «землевладелец» или «скотовод». Вторая часть восходит к таджикскому «бахти» — «счастливый». Соединившись, эти корни давали имя-пожелание: родители надеялись, что сын вырастет состоятельным и влиятельным человеком.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам на -и. То есть Байбахтиев — это буквально «сын Байбахти». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крещёных народов Поволжья, Приуралья и Средней Азии, где тюркские и иранские имена адаптировались через русскую паспортную систему.

Интересно, что в отличие от многих «байских» фамилий, где корень «бай» просто указывает на богатство или титул, здесь он работает в паре с пожеланием счастья. Имя Байбахти — не статусное, а скорее охранительное: оно как бы закрепляло за ребёнком и достаток, и удачу одновременно.

Встречается фамилия преимущественно у башкир и татар, а также у народов, испытавших их культурное влияние. Варианты написания — Байбахтиев, реже Байбахтиев с ударением на второй слог (Байба́хтиев), хотя в исходном имени ударение падает на последний слог — Байбахти́.

Споров о происхождении фамилии почти нет: обе части прозрачны для востоковедов, а составные имена из «бай» и «бахт» хорошо засвидетельствованы в ономастике тюрко-таджикского пограничья. Единственное, что может сбить с толку, — это написание: иногда фамилию путают с однокоренной Байбахтиевой (женский вариант) или ошибочно записывают как Байбахтеев, но это уже искажения при переписях.