Фамилия Байботоев — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось при переходе в фамилию. В её основе лежит тюркское составное имя или прозвище Байбот, где «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин», а «бот» — это, скорее всего, искажённое «батыр» (богатырь, воин) или «бек» (князь, правитель). Таким образом, Байбот — это «богатый воин» или «господин-богатырь», типичное для кочевых народов имя-пожелание силы и благосостояния.

Фамилию образовали по русской модели: к основе Байбот добавили суффикс принадлежности -ев. Окончание -ев (а не -ов) подсказывает, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий звук — в оригинале имя могло звучать как Байбош или Байбек. Суффикс -ев в тюркских фамилиях встречается реже, чем -ов, что делает Байботоева нестандартным вариантом.

Вероятнее всего, фамилия сложилась в среде казахов, киргизов или башкир, где имя Байбатыр (Байбот) было распространено. Русская административная машина XIX века, переписывая кочевое население, нередко записывала имена на слух, отсюда — замена «батыр» на более простое «бот». Если предки носителя фамилии были из Оренбургской губернии или Семиречья, то они могли быть скотоводами или мелкими родоправителями, чей статус отразился в имени.

Есть и менее вероятная версия: связь с монгольским «бойбот» — «боец», «драчун». Но для фамилий Средней Азии тюркская основа с «бай» типичнее. Спорных гипотез здесь нет — корень прозрачен, хотя точное значение второго компонента (батыр или бек) остаётся на уровне догадки. Фамилия не получила широкого распространения за пределами Казахстана и Киргизии, что подтверждает её локальное происхождение.