Фамилия Байдонова — женская форма фамилии Байдонов, и её разбор стоит начать с неочевидного, но показательного: с суффикса. Если бы фамилия оканчивалась на -ин (Байдонин), она указывала бы на принадлежность к конкретному человеку по имени или прозвищу Байдоня. Но суффикс -ов (-ев) в фамилиях Байдонов / Байдонова говорит о другом: он чаще закреплялся за потомками, чей предок носил полное имя или прозвище, оканчивающееся на твёрдый согласный. В данном случае основа — «Байдон».

Корень «Байд-» почти наверняка тюркского происхождения. В татарском, башкирском и казахском языках «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая часть «-дон» может быть вариантом слова «дон» (река) или, что правдоподобнее, частью сложного имени-пожелания. В тюркской ономастике нередки составные имена вроде Байдон — «богатый как река» (символ достатка и полноводности) или «богатый родом». Скорее всего, это личное имя, которое давали мальчику с пожеланием богатства и благополучия.

Есть и вторая, более спорная версия: связь с диалектным русским словом «байдон» — так в некоторых говорах называли болтуна или пустомелю. Но эта гипотеза слабая: прозвище с таким корнем не зафиксировано в исторических документах, а тюркская основа встречается в Поволжье и на Урале гораздо чаще. Именно там, в среде татар, башкир и мишарей, фамилия Байдонов (и Байдонова) встречается до сих пор.

В крестьянской среде фамилии на -ов часто давали по имени отца, которое со временем забывалось. Предок носительницы фамилии Байдонова, скорее всего, был крещёным татарином или башкиром, либо же русским, жившим в тесном соседстве с тюркскими народами. Фамилия не указывает на дворянство или духовенство — это типичная «патронимическая» фамилия, образованная от личного имени, которое вышло из употребления.