Фамилия Байдыбекова — классический пример фамилии, образованной от мужского имени, которое, в свою очередь, складывается из двух тюркских корней. Основа здесь — имя Байдыбек. Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Вторая, «бек» (или «бий», «бей»), — титул, обозначающий князя, предводителя, главу рода. Имя Байдыбек, таким образом, можно перевести как «богатый господин», «владыка-князь» или «господин из господ». Это составное имя, типичное для казахской, киргизской, каракалпакской и других тюркских антропонимических традиций, где родители закладывали в имя пожелание знатности и благополучия.

Русскоязычный суффикс «-ова» указывает на принадлежность: Байдыбекова — это «дочь» или «жена» Байдыбека. В русской традиции оформления нерусских фамилий такой суффикс стал универсальным способом русификации. Поэтому, хотя носительница может быть по происхождению казашкой или киргизкой, её фамилия записана по русской грамматической модели. Мужской вариант фамилии, соответственно, Байдыбеков.

Интересно, что имя Байдыбек — не самое частое, что делает фамилию относительно редкой. Встречается она преимущественно в Казахстане, Киргизии, а также среди выходцев из этих стран, живущих в России. Встречается и казахский вариант написания — Байдыбекқызы (буквально «дочь Байдыбека»), но в паспортах чаще фиксируется русифицированная форма.

Есть и версия, что фамилия может быть связана не с именем, а с прозвищем, образованным от того же корня. В некоторых тюркских диалектах «байдыбек» могло означать не просто титул, а конкретную должность или социальный статус — например, сборщика податей или старшину. Однако эта гипотеза менее распространена: подавляющее большинство фамилий на «-беков» и «-баев» в тюркском мире восходят именно к личным именам, а не к прозвищам по профессии.

Словообразовательная модель проста: имя Байдыбек + притяжательный суффикс «-ов» + окончание «-а» для женского рода. Никакой сложной морфологии. Сравните с однокоренными фамилиями: Байбеков, Бекбаев, Баймуратов — везде работает один и тот же принцип: основа из двух корней, а фамилия указывает на потомка человека с таким именем.