Фамилия Байдыханов — редкий случай, когда географический и социальный контекст важнее морфологии. Основа фамилии — арабское или тюркское имя Байдыхан. Разбирать стоит с конца: суффикс -ов указывает на русскую патронимическую модель, то есть фамилию образовали от имени отца, которое в свою очередь звучало как Байдыхан. Но само имя Байдыхан — сложное, составное.

Первая часть, «Бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «князь». Вторая часть, «дыхан», скорее всего, восходит к арабскому «дин» (вера, религия) в тюркской огласовке. Тогда имя Байдыхан можно перевести как «богатый верой» или «господин веры». Встречается также версия, что «дыхан» — это искажённое «хан» (правитель), и имя означает «богатый хан» или «князь-хан». Первая версия (с «дин») кажется более правдоподобной для ономастики: имена с корнем «дин» (Динмухаммед, Динбай) широко распространены у тюркских народов, принявших ислам.

Фамилия Байдыханов почти наверняка казахского или татарского происхождения. В дореволюционной России такие фамилии чаще всего получали представители степной аристократии (султаны, баи) или духовенства (муллы, хазреты), которые вели родословную и фиксировали её в метриках. Простой кочевник редко получал фамилию с окончанием -ов — ему присваивали имя отца без суффикса. Поэтому предок носителя фамилии, скорее всего, был не рядовым скотоводом, а человеком с положением, возможно, старшиной рода или муллой.

Спорный момент — написание. Встречаются варианты Байдыханов и Байдыканов. «Ы» в корне может быть как диалектной особенностью произношения (в некоторых говорах звук «и» переходит в «ы»), так и результатом ошибки писаря. В любом случае, в основе лежит имя, а не географическое название (села Байдыхан в известных источниках нет). Фамилия очень редкая, её носители сосредоточены в основном в Казахстане и прилегающих регионах России (Астраханская, Оренбургская области).