Фамилия Бадиханов образована по самой распространённой в русском языке модели: тюркское имя или прозвище плюс русский суффикс принадлежности -ов. Основа здесь — Бадихан. Это составное имя, которое членится на две части: «Бади» и «хан».

Первая часть, «Бади», восходит к арабскому слову «бади» — «удивительный, небывалый, чудесный». В арабской ономастике это один из эпитетов (аль-Бади‘ — «Творец, Созидатель»), но в личных именах он нередко использовался как пожелание ребёнку быть редким, исключительным человеком. Вторая часть, «хан», — тюркский титул, означающий «правитель, повелитель». В составе сложных имён (Ахметхан, Султанхан, Бадихан) он давно утратил социальный смысл и стал просто усилительным компонентом, подчёркивающим значимость первой части. Таким образом, Бадихан — «удивительный хан» или «чудесный правитель», имя с явно положительной, возвышенной окраской.

Фамилия Бадиханов — типично азербайджанская или дагестанская (кумыкская, лезгинская). В этих регионах арабские и персидские элементы смешивались с тюркскими ещё в Средневековье, и модель «арабское имя + хан» была очень популярна. При этом русский суффикс -ов появился у фамилии уже в XIX — начале XX века, после вхождения Закавказья и Северного Кавказа в состав Российской империи, когда местных жителей начали массово записывать в метрики по русскому образцу.

Встречается также вариант Бадиханов с ударением на второй слог (Бади́ханов), что характерно для носителей из Дагестана. В азербайджанской среде ударение чаще падает на последний слог — Бадихано́в. Разница в произношении не меняет этимологии, но может указывать на конкретный регион происхождения рода. Сословно предки Бадихановых, скорее всего, были не знатными ханами, а свободными крестьянами или горожанами — имя давали в честь уважаемого предка, а не по реальному титулу.