Фамилия Байдюшевы — один из тех случаев, когда в основе прозвища лежит слово с двойным, почти противоположным смыслом. Исходное прозвище Байдюша, скорее всего, связано с нарицательным «байдак». В старину байдаком называли речное парусное судно с одной мачтой. Поэтому первая версия происхождения прозвища — профессиональная: Байдюшей могли прозвать хозяина такого судна или рыбака, промышлявшего на байдаке.

Но есть и другой поворот. В народной речи слово «байдак» имело и переносное значение — озорник, лентяй, бездельник, буян. В ходу была поговорка: «У нас, дураков, семь байдаков, и угол не почат». В таком случае прозвище Байдюша указывало не на ремесло, а на характер — возможно, неспокойный или бесшабашный. Какая из версий верна для конкретного рода, теперь не установить, но обе имеют право на существование.

Фамилия образована по типичной русской модели: к основе Байдюш- добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Байдюши). Окончание -ы в форме множественного числа (Байдюшевы) подчёркивает, что речь идёт о целой семье или династии.

О точном месте и времени возникновения этой фамилии говорить сложно: процесс становления фамилий на Руси шёл несколько столетий, и письменные источники могли не сохраниться. Тем не менее, фамилия Байдюшевы — живой след народной речи, в котором сплелись быт волжских или донских речников и меткое слово, дававшее оценку человеку.