Фамилия Байгабатов — одна из тех, где корень говорит о многом, а суффикс — о способе образования. Основа «Байгабат» восходит к тюркскому мужскому имени Байгабат, которое состоит из двух частей: «бай» (богатый, господин, хозяин) и «габат» (арабское «габат» — леса, чащи; или же от «габа» — холм, возвышенность). В тюркском именослове «бай» — один из самых частых компонентов, указывающий на знатность, достаток или уважение. Вторая часть имени менее прозрачна: она может означать «лесистая местность» или «холмистый край», а может восходить к арабскому корню со значением «величие» или «сила». Так что имя Байгабат, скорее всего, означало «богатый лесами» или «властелин возвышенности» — прозвище, данное человеку, жившему в такой местности или владевшему ею.

Фамилия образована по русской модели: к тюркскому имени добавили русский суффикс -ов, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Байгабата» или «из рода Байгабата». Это типичный пример адаптации нерусского имени в русскую фамильную систему в XIX–XX веках, когда многие народы Поволжья, Урала, Кавказа и Средней Азии получали фамилии по отцу с помощью суффиксов -ов/-ев.

Географически фамилия Байгабатов встречается в основном среди народов, говорящих на тюркских языках: башкир, татар, казахов, а также у представителей других групп, где имя Байгабат было распространено. В русских документах фамилия фиксируется с конца XIX века, преимущественно в Оренбургской, Уфимской и Казанской губерниях. Носители фамилии — как правило, потомки сельских жителей, скотоводов или земледельцев, так как «бай» подразумевает скорее зажиточного хозяина, а не кочевника-воина.

Словообразовательно фамилия проста: корень Байгабат- + суффикс -ов. Ударение, скорее всего, падает на предпоследний слог — Байгаба́тов, хотя в устной речи возможны варианты. Встречаются однокоренные фамилии: Байгабатов, Байгабат, Байгабатович (отчество), но все они редки. По сравнению с массовыми фамилиями вроде Байгазиев или Баймуратов, Байгабатов — действительно уникальный случай, и его носители могут быть уверены: их фамилия хранит память о конкретном предке с необычным именем, которое вряд ли встретишь в современных справочниках.