Фамилия Байгабатова — это женская форма фамилии Байгабатов. Её основа восходит к мужскому личному имени или прозвищу Байгабат. В тюркских языках, откуда, скорее всего, происходит эта фамилия, «бай» означает «богатый», «господин», «хозяин», а «габат» может быть вариантом слова «габа» (одежда, кафтан) или «кабат» (слой, ряд, складка). Наиболее вероятная версия: Байгабат — человек, у которого много одежды, то есть зажиточный, состоятельный. В кочевых и полукочевых культурах количество одежды было прямым показателем достатка, так что прозвище было скорее уважительным, чем насмешливым.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов/-ев, который присоединялся к тюркским основам при оформлении фамилий в XIX–XX веках. Это типично для народов Поволжья, Урала, Казахстана и Средней Азии, где русская администрация фиксировала фамилии по отчеству: чей сын? — Байгабатов. То есть «потомок Байгабата». Суффикс -а в женской форме указывает на принадлежность к роду: «из семьи Байгабатовых».

Географически фамилия редкая и привязана в основном к южным регионам России, Казахстану и Киргизии. Встречается она также у башкир и татар, где имя Байгабат могло быть составным: Бай (богатый) + Габат (возможно, от арабского «габад» — раб, слуга, но в значении «раб Божий», то есть набожный человек). Вторая версия менее правдоподобна, так как арабское «габад» в тюркских именах чаще даёт формы Габадулла, а не Габат.

Сословного статуса у фамилии не прослеживается — она не дворянская и не купеческая. Носители Байгабатовых, скорее всего, были крестьянами или скотоводами, получившими фамилию во время переписей. Встречается написание через «о» — Байгобатов, что связано с диалектной заменой гласных в устной речи.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Байгазин, Байгарин, Байгулов), то Байгабатова выделяется редким вторым компонентом — «габат». В русских говорах это слово не используется, что окончательно подтверждает тюркское происхождение основы.