Фамилия Байгуанова — женская форма от мужской Байгуанов, которая образована по тюркской модели с суффиксом -ов/-ев, характерной для русификации фамилий народов Поволжья, Урала и Кавказа. Основа фамилии — «Байгуан» — скорее всего, сложное имя или прозвище, состоящее из двух тюркских корней: «бай» (богатый, уважаемый, хозяин) и «гуан» (вариант «хан» — правитель, повелитель). Таким образом, Байгуан могло означать «богатый правитель» или «уважаемый хан».

В ономастике корень «бай» встречается в десятках фамилий (Байрамов, Баймурзин, Байсаров) и указывает на высокий социальный статус или благосостояние предка. Вторая часть — «гуан» — реже, но фиксируется в казахских и башкирских именах (например, Гуанбай). Соединение двух титульных компонентов в одном имени — не редкость для тюркской антропонимии, где подчёркивали двойное достоинство: и материальное, и властное.

География фамилии Байгуанова — преимущественно регионы с тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, а также Казахстан. Среди носителей много башкир и татар, реже — казахов. Суффикс -ов/-ев указывает на то, что фамилия прошла через русское делопроизводство в XIX — начале XX века, когда представителей нерусских народов записывали в метрики и ревизские сказки по стандартной имперской схеме: имя отца плюс окончание -ов.

В отличие от фамилий на -ин или -ский, Байгуанова не связана с географическим названием или сословной принадлежностью. Это «прозвищная» фамилия, закрепившаяся за родоначальником, которого в общине знали как Байгуана — человека состоятельного или занимавшего выборную должность. Со временем прозвище стало родовым именем, а при переходе в русский документооборот получило стандартное окончание.

Редкость фамилии объясняется тем, что форма «Байгуан» не вошла в широкий обиход даже в тюркской среде — это локальное именование, возможно, из одного села или рода. Встречаются также варианты написания: Байгуанов, Байгуанова (с ударением на второй или третий слог), что зависит от диалекта. В современной России фамилия сохраняется в основном в сельских районах Башкортостана, где до сих пор жива память о прозвище, лёгшем в её основу.