Фамилия Байхатова — женская форма, а её мужской вариант — Байхатов. В основе фамилии лежит тюркское имя или прозвище Байхат, где «бай» означает «богатый, господин, хозяин», а «хат» может восходить к арабскому «хатт» (линия, письмо, указ) или к тюркскому «кат» (слой, ряд). В разных диалектах возможны оттенки: «байхат» могли называть человека, имеющего вес и «письменное» положение — то есть грамотного, обладающего документами или властью, либо того, кто «богат слоями» (много скота, имущества). Встречается и версия, что «хат» — это искажённое «хаджи» (паломник), но она менее убедительна, так как в тюркских языках переход «дж» в «т» нехарактерен.

Модель образования типична для русских фамилий, появившихся у тюркоязычных народов: к основе добавили русский суффикс -ов/-ев, что указывает на принадлежность («сын Байхата»). Такие фамилии массово фиксировались в XIX веке при переписях и паспортизации, когда мусульманские имена адаптировали под русскую систему. Байхатовы могли быть выходцами из казанских татар, башкир или казахов — именно в этих регионах имя Байхат (встречается также как Байхат, Байхад) известно по документам. В словаре татарских имён Г. Саттарова «Байхат» толкуется как «богатый, уважаемый человек», что подтверждает прозвищное происхождение: предка так прозвали за достаток или за умение вести дела.

Географически фамилия редкая; её концентрация заметна в Татарстане, Башкортостане и соседних областях, а также среди казахской диаспоры. Встречается и вариант Байхатов с ударением на второй слог — это может быть следствием местного произношения. Социальный контекст: носители фамилии чаще принадлежали к крестьянскому или мещанскому сословию, но само прозвище намекает на то, что родоначальник выделялся среди односельчан — либо богатством, либо грамотностью, что в дореволюционной деревне было редкостью.