Фамилия Байхузина — один из тех редких случаев, когда носительница женской формы фамилии может с большой вероятностью определить свои корни, не обращаясь к мужскому варианту. Формант -ин указывает на принадлежность: «чьей будешь?» — Байхузина, то есть дочь или жена человека по прозвищу или имени Байхузя. Основа фамилии — тюркское двусоставное имя Байхузя, которое состоит из двух частей: «бай» (богатый, господин, хозяин) и «хузя» (искажённое «хужа», «кожа» — господин, хозяин, также святой или учитель). По сути, имя Байхузя — это тавтология, усиление: «господин господинов» или «богатый господин». Такие имена-удвоения встречаются у тюркских народов как оберег или пожелание могущества.

Фамилия явно восходит к дохристианскому или домусульманскому именованию. Бытовала она в среде татар, башкир или других тюркских народов Поволжья и Приуралья. Судя по окончанию, фамилия прошла через русскую канцелярскую обработку: тюркское имя Байхузя (или Байхозя) получило русский притяжательный суффикс -ин. В мужском варианте фамилия звучала бы как Байхузин, но в женской форме — Байхузина — она не менее показательна.

Интересная деталь: фамилия очень редкая. В открытых базах данных и телефонных справочниках она встречается единично, в основном в Башкортостане и Челябинской области. Это говорит о том, что род, скорее всего, не был многочисленным, а имя-основа не превратилось в массовое. В отличие от фамилий вроде Байбулатов или Баймурзиных, у Байхузиных нет разветвлённой географии — это компактный, локальный род.

С точки зрения социального статуса, предок-носитель имени Байхузя мог быть зажиточным крестьянином, торговцем или сельским старостой. Имя «бай» в тюркской среде часто давали детям в надежде на богатство, но к XVIII–XIX векам оно уже не гарантировало знатности — скорее указывало на достаток в пределах одной деревни.