Фамилия Байхузин образована от тюркского мужского имени Байхузя, где «бай» означает «богатый, господин», а «хузя» (или «хужа») — «хозяин, владелец». В сумме получаем «богатый хозяин» или «господин». Имя это было распространено среди татар, башкир и других тюркских народов Поволжья и Приуралья, что сразу указывает на географию фамилии: её носители, скорее всего, происходят из этих регионов.

Суффикс «-ин» в фамилии — русский патронимический формант, типичный для фамилий, образованных от основ на -а, -я. В данном случае он присоединился к тюркскому имени Байхузя (вариант — Байхозя), дав форму Байхузин — «сын Байхузи». Это характерный пример того, как русская модель фамилии (с суффиксом -ин) наложилась на иноязычную основу, что часто встречается в семьях, перешедших в православие или долго живших в русскоязычной среде.

Стоит упомянуть и возможный вариант написания фамилии — Байхозин. В тюркских языках звук «у» и «о» в безударной позиции могли смешиваться, поэтому в документах XIX века встречаются обе формы. Однако закрепился именно Байхузин, что говорит о фиксации через письменную традицию, возможно, при переписи населения.

По социальному происхождению предки Байхузиных, вероятно, относились к крестьянам или мещанам из татарских или башкирских деревень. Имя Байхузя не было аристократическим, но указывало на достаток и уважение в общине. Встречается фамилия преимущественно в Башкортостане, Татарстане, Оренбургской и Челябинской областях, что подтверждает её региональную привязку.

Разбирать фамилию дальше не имеет смысла: других версий происхождения (например, от географического названия или профессии) нет, а связь с именем Байхузя — прямая и надёжная.