Фамилия Баймукушева — яркий пример казахской или тюркской антропонимии, которая закрепилась в русском языке через суффикс -ев. Основа фамилии — мужское имя Баймукуш, которое, в свою очередь, состоит из двух частей: «бай» и «мукуш».

Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин». Это очень распространенный компонент в именах и фамилиях народов Центральной Азии, указывающий на достаток или высокое положение. Вторая часть — «мукуш» — более редкая и спорная. Скорее всего, это вариант имени Мукаш, восходящего к арабскому «муким» (постоянный, живущий, пребывающий). В таком случае имя Баймукуш можно истолковать как «богатый и постоянный» или «господин, который пребывает в достатке».

Есть и другая версия, менее вероятная, но возможная: «мукуш» может быть диалектным вариантом слова «мукуш» (рогатый скот) в некоторых тюркских говорах. Тогда имя Баймукуш означало бы «богатый скотом», что тоже логично для кочевой среды, где поголовье скота было главным мерилом богатства.

Суффикс -ев в фамилии Баймукушева — это русский патронимический суффикс, который добавлялся к тюркским основам при русификации фамилий в XIX–XX веках. Он отвечает на вопрос «чей?»: Баймукушев — сын Баймукуша. Таким образом, фамилия Баймукушева означает «принадлежащая роду Баймукуша», «дочь Баймукуша» (для женского варианта) или «потомок Баймукуша».

Географически фамилия распространена преимущественно среди казахов, а также встречается у башкир и татар. В России её носители чаще всего живут в Оренбургской, Астраханской областях и в республиках Поволжья, куда переселялись кочевники. Сословно предки Баймукушевых, скорее всего, были скотоводами или мелкими родоправителями, так как имя с компонентом «бай» обычно не давали беднякам.

Однокоренные фамилии — Баймуратов, Баймухаметов, Баймурзин — все они построены по той же модели: тюркское имя с «бай» плюс русский суффикс. Но Баймукушева выделяется редкой второй частью, что делает её более локальной и трудной для однозначной этимологии.