Фамилия Баймусаев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать с имени-основы. В ней отчётливо выделяются два компонента: «бай» (богатый, знатный, господин) и «муса» — арабское имя, соответствующее библейскому Моисею. Таким образом, Баймуса — буквально «богатый, как Муса» или «господин Муса». Суффикс -ев указывает на русскую модель образования фамилий от тюркских имён: Баймусаев — потомок человека по имени Баймуса.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и русские традиции именования: Северный Кавказ (особенно Чечня, Ингушетия, Дагестан), а также Поволжье и Западная Сибирь. В чеченской среде, например, распространены фамилии на -ев, образованные от имён с компонентом «бай», что говорит о давних контактах с тюркскими народами. Важно не путать эту фамилию с похожей Баймурзаев: там в основе «мурза» (княжеский титул), а здесь — личное имя.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов/-ев, которые в русском языке пришли из крестильных имён, Баймусаев сохраняет доисламский и домусульманский пласт. Компонент «бай» — древнетюркский титул, который позже вошёл и в мусульманские имена, поэтому фамилия могла возникнуть как у язычников, так и у мусульман. Сословной принадлежности у неё нет — её могли носить и крестьяне, и воины, и торговцы, в зависимости от региона и эпохи.

В написании встречается вариант Баймусаев с буквой «е» после «с» — это стандартная русская передача тюркского звучания, где ударение падает на последний слог: Баймуса́ев. Встречается искажённое Баймусаев с двумя «с» или через «а» в конце основы, но это ошибки переписчиков.