Фамилия Байсеркеев почти со стопроцентной уверенностью указывает на казахское или тюркское происхождение. Её основа — составное имя или прозвище Байсерке (Бай-Серке). Первая часть, «бай», в тюркских языках означает «богатый», «господин», «хозяин», а в именах часто выступала как пожелание богатства и могущества или как титул уважаемого человека. Вторая часть, «серке», переводится как «вожак» (обычно вожак в отаре овец или коз, тот, кто ведёт стадо). Таким образом, Байсерке — это «богатый вожак» или «господин-предводитель». Имя давалось с пожеланием лидерских качеств, чтобы человек вёл за собой людей, как вожак ведёт стадо.

Фамилия образована по русской модели патронимического суффикса -ев, который присоединялся к тюркским основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. Буквально Байсеркеев означает «потомок Байсерке» или «из рода Байсерке». Фактически это русифицированная форма казахской фамилии, которая в оригинале могла бы звучать как Байсеркеұлы (Байсерке-улы — «сын Байсерке») или Байсеркеқызы (для женщин).

Географически фамилия Байсеркеев привязана к Казахстану и приграничным регионам России (Оренбургская, Астраханская области). Встречается она относительно редко, что говорит о её локальном распространении в рамках одного или нескольких родов. В отличие от массовых фамилий вроде Ахметов или Смагулов, Байсеркеев — более редкий ономастический маркер, указывающий на конкретное родовое имя предка, а не на профессию или общее качество.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии, скорее всего, происходят из кочевой среды, где имя Серке (вожак) было символически важным. В казахском обществе ценились качества лидера и организатора, и имя Байсерке мог получить человек, который действительно вёл свой аул или род. Фамилия не несёт указания на сословие — её могли носить как зажиточные скотоводы (баи), так и обычные кочевники, получившие прозвище за характер. Русский суффикс -ев появился в документах уже в XIX — начале XX века при записи в метрические книги или при переписях, когда кочевое население получало фамилии по отцу.