Фамилия Байсеркина — женская форма фамилии Байсеркин, и её разбор стоит начать с неочевидного: суффикса. В русских фамилиях суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Байсеркин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Байсерка. Но сама основа «Байсерк-» не похожа на исконно русскую: здесь явно тюркский след.

Корень фамилии распадается на два компонента: «бай» и «серк» (или «серке»). В тюркских языках «бай» — это богатый, знатный, господин, хозяин. Вторая часть восходит к слову «серке» — так у тюркских народов называют козла-вожака, который ведёт стадо, или, в переносном смысле, предводителя, заводилу. Сложение даёт «Байсерке» — «богатый вожак» или «знатный предводитель». Это не имя в привычном понимании, а прозвище, которое давали человеку за характер или положение среди своих.

Вероятнее всего, фамилия Байсеркин (а значит, и Байсеркина) сформировалась в среде татар, башкир или казахов, где подобные двусоставные имена-прозвища были обычны. При переходе в русскую среду прозвище обрастало русским суффиксом принадлежности, и так закреплялось в документах. Встречается фамилия преимущественно в Поволжье и на Урале — регионах давнего и плотного русско-тюркского соседства.

Интересная деталь: фамилия сохранила редкую букву «й» в начале, что нечасто встречается в русифицированных тюркских фамилиях. Обычно «бай» теряет йот или переходит в «бей», но здесь начальная форма сохранилась почти без изменений, что говорит о сравнительно поздней записи фамилии — когда писари уже не переделывали иноязычные имена на русский лад, а фиксировали их на слух. Носительницы фамилии Байсеркина, таким образом, происходят от человека, которого в своём кругу называли «богатым вожаком» — скорее всего, за хозяйскую сметку или лидерскую жилку.