Фамилия Байшникова — женская форма фамилии Байшников, и её разговорная или историческая огласовка может многое сказать о происхождении. Самое примечательное здесь — суффикс -ник-, который встречается в фамилиях реже, чем стандартные -ов или -ин. Этот суффикс в русских фамилиях обычно указывает на род занятий или характерный признак человека: мельник, рыбник, грешник. Соответственно, основа «байш-» скорее всего восходит к прозвищу или профессии.

Наиболее вероятная версия: «байшник» — это человек, имеющий отношение к байше. В русских говорах (особенно северных и сибирских) «байша» или «байш» означало «баюн», «говорун», «краснобай» или даже «колдун-заговорщик». В старину байшником могли называть рассказчика былин, сказочника, а в некоторых регионах — знахаря, который «баял» (заговаривал) болезни. Фамилия Байшников, таким образом, могла закрепиться за потомками такого человека — либо за профессиональным сказителем, либо за тем, кто славился умением заговаривать.

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с тюркским корнем «бай» (богатый, господин). В таком случае «байшник» — это русская переделка тюркского прозвища, означающего «сын бая» или «принадлежащий баю». Однако суффикс -ник для тюркских заимствований нехарактерен: обычно они оформлялись через -ов/-ев (Байков, Баев). Поэтому версия с русским диалектным словом выглядит убедительнее.

Географически фамилия Байшников (и Байшникова) встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это косвенно подтверждает связь с севернорусскими говорами, где слово «баять» было особенно употребительно. Встречаются также единичные носители в Сибири, что объясняется переселением крестьян в XIX веке.

Социально фамилия относится к крестьянской среде: суффикс -ник в фамилиях редко встречается у дворянства и чаще фиксируется у бывших государственных или монастырских крестьян. Прозвище Байшник могло быть дано не как фамилия, а как уличное имя — по ремеслу или особенности речи, и лишь затем закрепилось в документах при переписях.