Фамилия Баишников — редкий пример, где разбор упирается не в очевидное ремесло или имя, а в тюркское прозвище. Основа здесь — «баиш» или «баишник». В русских говорах это слово не зафиксировано, зато в татарском, башкирском и казахском языках «баиш» означает «богач», «зажиточный человек» (от «бай» — хозяин, богатый). Суффикс «-ник» в русской фамилии указывает на человека по характерному признаку: Баишник — тот, кого так прозвали за богатство, либо выходец из зажиточной семьи. Далее стандартный патронимический суффикс «-ов» превратил прозвище в фамилию: «сын Баишника».

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Поволжье, Урал, юг Сибири. Встречается она нечасто, что объяснимо: прозвище «Баиш» могло быть не столько личным, сколько родовым или сословным, и в крестьянской среде закрепилось реже, чем, скажем, «Кузнецов» или «Попов». Интересно, что параллельно существует фамилия Баишев — от той же основы, но без «-ник»; Баишников же явно образована от более сложной прозвищной формы, что делает её старшей по словообразовательной цепочке.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от диалектного «баиш» — возможно, искажённое «байщик» (тот, кто баит, говорит, рассказчик). Но в этом случае фамилия была бы скорее Баищиков, а не Баишников. К тому же глагол «баить» в северных и сибирских говорах дал фамилии Баев, Баюшкин, но не Баишников. Версия с тюркским корнем выглядит убедительнее.

Таким образом, предки носителя фамилии Баишников, скорее всего, жили в зоне русско-тюркского пограничья, и их прозвище прямо указывало на достаток — не на дворянский титул, а на крепкое хозяйство или торговую жилку.