Фамилия Байзакаевы — редкая, её корни уходят в тюркские языки, скорее всего, в казахскую или башкирскую среду. Основа «Байзака» разлагается на два компонента: «бай» — богатый, уважаемый, хозяин, и «зака» — в разных тюркских наречиях это может означать «потомок», «род» или же «защита», «опора». Таким образом, исходное прозвище или личное имя Байзака могло означать «богатый род» или «надёжная опора». Суффикс -ев указывает на русскую патронимическую модель: Байзакаевы — это потомки человека по имени Байзака.

Интересна здесь не столько семантика корня, сколько способ адаптации. Фамилия образована не через типичный для тюркских фамилий суффикс -ов/-ев от имени на согласный (как Байзаков), а с сохранением конечного гласного основы. Это говорит о том, что имя Байзака бытовало в полной, нередуцированной форме, а фамилию зафиксировали в документах именно так, без усечения. Такая модель встречается реже и характерна для регионов, где русская администрация записывала имена «как слышала», не подгоняя под привычные шаблоны.

Географически фамилия привязана к южному Уралу и западному Казахстану. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках Байзакаевы встречаются в Оренбургской губернии, среди казахов и башкир, переходивших в оседлость или служивших в казачьих войсках. Сословно это могли быть как «инородцы» (по тогдашней терминологии), так и государственные крестьяне, реже — мелкие чиновники из местных.

В отличие от фамилий вроде Баймуратов или Байдавлетов, где второй компонент — арабское или персидское имя, «зака» — более архаичный, чисто тюркский элемент, что делает Байзакаевых любопытным примером домусульманского пласта в ономастике. Спорных версий у фамилии нет: все исследователи сходятся на тюркской основе, различаясь лишь в толковании второго корня (от «заки» — чистый, святой — маловероятно, так как ударение и огласовка в документах указывают на «зака», а не на «заки»).