Фамилия Байзаков тюркского происхождения и связана с личным именем Байзак. Это составное имя, где первая часть «бай» означает «богатый», «уважаемый», «господин» — титул, широко распространенный у тюркских и монгольских народов. Вторая часть «зак» восходит к слову «узак» (долгий, долголетие). Таким образом, имя Байзак вбирало в себя пожелание: «будь богат и живи долго». Родители, называя так сына, вкладывали в имя программу на благополучную и долгую жизнь.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Байзак добавили патронимический суффикс -ов. В результате Байзаков — это буквально «сын Байзака». Такая модель типична для фамилий, которые оформлялись в русской делопроизводственной традиции у народов Казахстана и Средней Азии в XIX — начале XX века.

Само имя Байзак — нередкое в казахском ономастиконе. Встречаются и другие имена с тем же корнем «бай»: Баймурат, Байжан, Байболат. Однако сочетание с «зак» встречается реже, что делает фамилию Байзаков менее распространённой, чем, скажем, Баймуратов или Байжанов. По этой причине носители фамилии чаще всего сосредоточены в Казахстане и южных регионах России, граничащих с Казахстаном, а также среди казахской диаспоры.

В некоторых случаях суффикс -ов могли присоединять не к полному имени, а к прозвищу Байзак, которое давали человеку зажиточному или просто уважаемому в общине. Но первичной и самой вероятной версией остаётся происхождение от личного имени-пожелания.