Фамилия Базаганова образована от мужского имени Базаган. В основе лежит тюркское слово «база» — крепкий, прочный, устойчивый, с добавлением уменьшительно-ласкательного аффикса «-ган». Таким образом, имя Базаган можно перевести как «крепкий, устойчивый человек» или, в переносном смысле, «надёжный, как скала». Фамилия указывает на характер или физические качества предка — его силу, выносливость, основательность.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия оканчивается на -ова, что типично для русских фамилий, образованных от отчества (чей? — Базаганов сын). Но основа Базаган не имеет распространённого славянского корня, а является тюркским личным именем. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком, получившим такое имя в тюркоязычной среде, а затем, при переходе в русскую культуру, фамилия «обрусела» через суффикс -ов.

Встречается фамилия преимущественно в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, а также среди татар, башкир и казахов. Скорее всего, первые носители фамилии были крестьянами или казаками, жившими в пограничных зонах, где тюркские и славянские имена свободно переходили друг в друга.

Споров о происхождении фамилии почти нет: тюркская основа очевидна, а суффикс -ова ясно указывает на русскую форму. Редкая альтернативная версия, связывающая Базагана с персидским «базар» (рынок), лингвистически слаба — слово «базар» дало бы форму Базаров, а не Базаганов. Так что версия с «крепким» человеком остаётся основной.