Фамилия Бедексеева — женская форма от Бедексеев, и её основа не бросается в глаза даже человеку, привыкшему к русским фамилиям. С первого взгляда она кажется тюркской или кавказской, и это первая рабочая гипотеза. Разберёмся по порядку.

Корень «Бедекс» или «Бедексе» в русском языке не встречается. Скорее всего, он восходит к тюркскому мужскому имени или прозвищу. В тюркских языках есть корень «бек» (господин, князь, сильный) и близкие к нему «бий», «бик». Форма «Бедексе» может быть сложносоставным именем: например, «Бедек» + аффикс принадлежности или уменьшительно-ласкательный суффикс, который в русской записи превратился в «-се». Вторая часть — «-еев» — это уже русский фамильный суффикс, характерный для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й. В мужском роде фамилия звучала бы как Бедексеев, и она вписалась бы в ряд типичных русских фамилий тюркского происхождения (Карасев, Ахметеев, Батырев).

Суффикс «-еев» вместо привычного «-ов» указывает на то, что исходное имя или прозвище оканчивалось на мягкий знак или -й. То есть предка могли звать Бедексеем — так же, как в русской традиции из имени «Андрей» появилась фамилия Андреев. Если предположить, что имя было Бедек, то в родительном падеже («сын Бедекея») оно дало бы именно Бедексеев. Такая модель типична для адаптации иноязычных имён: тюркское окончание переосмыслялось как русский суффиксальный элемент.

Географически фамилия Бедексеева редкая. В открытых источниках она встречается в основном в регионах Поволжья и Приуралья — там, где веками жили татары, башкиры, чуваши и другие тюркоязычные народы. Это косвенно подтверждает версию о тюркской основе: именно в этих местах русские фамилии часто образовывались от местных имён. Носители фамилии могли быть крещёными татарами или башкирами, перешедшими в православие, либо русскими, получившими прозвище от соседей-тюрков.

Версия о калмыцком происхождении тоже возможна. В калмыцком языке есть слово «бедек» (бедный, нищий), но оно редко становилось основой фамилии. Более правдоподобно, что в основе лежит личное имя Бёдёк или Бёдек — в монгольских и калмыцких именах распространён корень «бёд» (сила, мощь). При переходе в русскую речь звук «ё» мог замениться на «е», а конечный «к» смягчиться до «кс» под влиянием русской фонетики. Однако калмыцкая гипотеза остаётся менее вероятной, так как фамилия встречается не в степных регионах, а в Поволжье.

В любом случае, фамилия Бедексеева — пример того, как иноязычное имя обрастало русскими суффиксами и становилось частью русской фамильной системы. Её носители, скорее всего, происходят из среды тюркского населения, которое в XVI–XIX веках активно вливалось в состав русского дворянства, купечества или крестьянства, получая фамилии по имени отца. Точного значения исходного имени мы не знаем, но оно явно было личным, а не прозвищным — иначе суффикс был бы другим.